A história central de 'O Clone' é o amor proibido de Jade (Giovanna Antonelli) e Lucas (Murilo Benício), com encontros e desencontros, em duas fases da novela: eles se conhecem em Fez, no Marrocos, 1980, e vivem um romance às escondidas. Logo eles são separados e se encontram novamente no Rio de Janeiro, em 2001, onde reacendem a paixão. Escrita por Glória Perez, com direção de Teresa Lampreia e Marcelo Travesso, teve direção geral de Márcio Bandarra, Marcos Schechtman e Jayme Monjardim, também diretor de núcleo. Saiba mais aqui.

Após a morte de sua mãe no Rio de Janeiro, a jovem muçulmana marroquina Jade (Giovanna Antonelli) volta para a cidade marroquina de Fez para viver com seu tio Ali (Stênio Garcia) e com a prima Latiffa (Letícia Sabatella). Impetuosa e decidida, ela não aceita as tradições muçulmanas. A jovem é impedida de ficar com seu grande amor Lucas (Murilo Benício) e obrigada a se casar com Said (Dalton Vigh).

Os gêmeos idênticos Lucas e Diogo Ferraz (Murilo Benício). Lucas é tímido, romântico e sensível, sendo o mais frágil dos irmãos. Diogo é autoconfiante, alegre e sedutor, com vocação para assumir os negócios do pai. Nos anos 1980, primeira fase da novela, os gêmeos viajam para Fez com o padrinho de Diogo, o geneticista Augusto Albieri (Juca de Oliveira). Lá, Lucas conhece Jade (Giovanna Antonelli) e Diogo conhece Ivete (Vera Fisher). Na volta para o Rio de Janeiro, Diogo morre em um acidente de helicóptero. 

Na segunda fase da novela, Lucas Ferraz (Murilo Benício) está com cerca de 40 anos, é marido de Maysa (Daniela Escobar) e pai de Mel (Débora Falabella). Ele abdicou de seus sonhos para cuidar da empresa do pai e cuidar da filha que é dependente química, se tornando um homem seco e ressentido. 

O terceiro personagem de Murilo Benício na trama é Léo, o clone que dá o título à novela. Abalado pela morte do afilhado, o cientista Albieri (Juca de Oliveira) clona Lucas em segredo. Léo vive com a mãe Deusa (Adriana Lessa), e tem Albieri como padrinho. A verdade sobre sua origem só vem à tona aos 18 anos, deixando o rapaz muito confuso. Em viagem ao Marrocos em companhia do cientista, Léo vê Jade e imediatamente se apaixona. 

Albieri (Juca de Oliveira) leva os gêmeos Lucas e Diogo Ferraz para o Marrocos, e na volta seu afilhado morre. Abalado pela morte de Diogo, o cientista, que já trabalhava com clonagem de gado, clona Lucas em segredo, dando vida à Léo, a quem se afeiçoa e também apadrinha. Vaidoso, integente e dono de uma ética exagerada - e falsa -, ele busca curar a perda do afilhado e realizar o sonho de ser o primeiro a criar um clone humano.

Leônidas Ferraz (Reginaldo Faria) é um empresário viúvo que cuida dos seus negócios e dos filhos gêmeos idênticos: Diogo e Lucas (Murilo Benício). Ele vive um romance com Ivete (Vera Fischer). 

Ivete (Vera Fischer) é dona de brechó e namorada de Leônidas Ferraz (Reginaldo Faria), pai dos gêmeos Lucas e Diogo. Uma mulher bonita e inteligente, que fará de tudo para ficar com seu amado. 

Após a morte da mãe de Lucas e Diogo no parto, Dalva criou os gêmeos de Leônidas desde que nasceram. Afetuosa e alegre, desconfia de Albieri, não acredita em clonagem humana e tem explicações sobrenaturais para o aparecimento de Léo. 

Ali (Stênio Garcia) mora em Fez, no Marrocos, e cuida das sobrinhas Jade e Latiffa. Seguidor fiel das tradições muçulmanas, Ali quer arrumar bons maridos elas: Jade se casa com Said e Latiffa com Mohamed (Antonio Calloni). É amigo de Albieri, com quem estudou em Oxford, mas discorda de sua ideia de clonagem, que vai contra as leis de Deus.

Said é o escolhido de tio Ali para se casar com Jade pelas tradições muçulmanas. Ela tenta fugir do seu prometido para se casar com Lucas, seu grande amor, mas acaba desiludida e assume o compromisso, se tornando uma esposa infeliz. Da união, nasce a filha do casal, Khadija (Carla Diaz). É irmão de Mohamed (Antonio Calloni) e Nazira (Eliane Giardini). É realmente apaixonado por Jade, e com o tempo torna-se rico e frustrado com a falta de amor da sua mulher. Após algum tempo, escolhe a jovem Ranya (Nívea Stelmann) para ser sua segunda esposa. 

Latiffa (Letícia Sabatella) vive com o tio Ali e a prima Jade. Ela também cresceu no Rio de Janeiro, mas mudou-se para o Marrocos ainda adolescente e se adaptou aos costumes muçulmanos. Ela se casa com Mohamed, com quem tem os filhos Samira (Stephany Brito) e Amin (Thiago de Oliveira). 

Mohamed é o escolhido de tio Ali para se casar com Latiffa, prima de Jade. Comerciante simpático, vive com sua esposa uma relação de amor e ciúmes. O casal se dá bem até sua irmã Nazira convencê-lo a ter uma segunda esposa. 

Nazira é irmã mais velha de Said (Dalton Vigh) e Mohamed (Antonio Calloni). Frustrada por não poder se casar - pelos costumes, ainda adolescente assumiu o papel de dona de casa quando a mãe morreu e cuidou dos irmãos - é dada a criar intrigas entre casais. Mais tarde, morando no Brasil, se apaixona por Miro (Raul Gazola) e tenta conquistá-lo.

Zoraide trabalha na casa de Ali. Morou no Brasil, onde foi babá de Jade, e voltou para o Marrocos com a família de Latiffa. É uma mulher alegre e querida pela família Rachid, e representa os costumes tradicionais, superstições e crendices da cultura árabe.

O sedutor Zein entra em cena quando Said pede divórcio num momento de raiva e se arrepende. Desesperado para recuperar Jade, ele arranja um casamento falso para ela, para que o novo marido a repudie e ele possa tomá-la de volta pelo costume muçulmano. Porém, o conquistador se apaixona por Jade, se tornando mais um pretendente pelo seu amor. 

Ranya entra na trama como a segunda esposa de Said (Dalton Vigh). Jovem, bonita e alegre, não leva jeito para a vida doméstica. Seu relacionamento com Jade é de competição, mas também de companheirismo. 

Abdul é tio de Said, Mohamed e Nazira, extremamente conservador e defensor das tradições muçulmanas.

Primo de Mohamed, vem para ajudá-lo na loja. Vive uma história tumultuada com Nazira. 

Na segunda fase da novela, em 2001, entra em cena Khadija (Carla Diaz), filha de Jade e Said. O jargão 'Inshallah' usado pela menina (que mais tarde a atriz tatuou), assim como suas danças, ficaram muito populares. Veja aqui como estão os atores mirins da novela 20 anos depois.

Samira e Amin são filhos de Latiffa e Mohamed. A primogênita vive em conflito com o irmão, que por ser menino é o preferido e pode tudo, enquanto ela sofre com as restrições reservadas às mulheres muçulmanas. Veja aqui como estão os atores mirins da novela 20 anos depois.

No início da trama, Maysa é namorada de Diogo. Após sua morte, ela se casa como seu irmão gêmeo, Lucas, com quem tem uma filha, Mel (Débora Falabella). Vaidosa e egocêntrica, gosta da riqueza do marido, mas não tem paciência para seus dilemas existenciais. Sofre com a dependência química da filha e com o amor de Lucas por Jade. 

Filha de Maysa e Lucas, é uma jovem independente, que vive em conflito com o autoritarismo do pai. Mel se torna dependente química e vive um amor conturbado com Xande (Marcello Novaes), que a ajuda a tratar a doença.

Xande é um treinador de luta livre, que deixa a profissão para ser segurança de Mel (Débora Falabella), por quem se apaixona e a ajuda a enfrentar o vício em drogas.

Fazendo tratamento para engravidar, Deusa é inseminada acidentalmente com as células de Lucas, preparadas por Albieri. Sem saber que seu filho é um clone, ela dá à luz Leandro. O cientista se aproxima do garoto e o apadrinha, até que a verdade vem à tona, 18 anos depois. A mãe não aceita a história de Albieri e as desconfianças de Léo sobre sua história, e se sente rejeitada pelo filho, a quem é muito apegada. 

Lidiane é uma mulher simpática e bem-humorada, que tem muito ciúmes do marido Tavinho (Victor Fasano). Está sempre desconfiada, atenta aos movimentos do marido e criando artimanhas para chamar sua atenção, como os muitos tratamentos estéticos que realiza. É mãe de Cecéu (Sérgio Marone) e Telminha (Thaís Fersoza), confidente de Maysa (Daniela Escobar) e vítima da falsa amizade de Alicinha (Cristiana Oliveira).

Tavinho é um dos diretores da empresa de alimentos de Leônidas e amigo de Lucas. É bom-caráter, bonito e charmoso, gosta de esportes e arte, e vive sob a marcação cerrada de sua esposa, a ciumenta Lidiane, com quem tem dois filhos, Cecéu (Sérgio Marone) e Telminha (Thaís Fersoza). Sua situação fica complicada quando Karla (Juliana Paes) o processa por ser pai de seu filho, mas ele jura que nem conhece a moça. 

A gananciosa Karla é filha de Odete (Mara Manzan) e enteada de Edvaldo (Roberto Bomfim). Jovem e bonita, viciada em exercício físico, no início da trama namora Xande (Marcello Novaes), a quem abandona para tentar romances mais lucrativos. Sua vítima é Tavinho, em quem está articulando um golpe da paternidade. 

Jurema, a famosa Dona Jura (Solange Couto), é mãe de criação de Xande. Campeã de sinuca, é dona do bar que é ponto de encontro dos moradores do bairro de São Cristóvão, na Zona Norte do Rio, e espaço para participações especiais de celebridades, como o Pelé. Fez sucesso com o seu bordão "Né brinquedo não!".